实质性区别就是是否可以抵扣。专用发票有抵扣联，必须通过专用开票机或者通过税局代开，通过认证并符合条件的可以用于进项税抵扣。而普通发票不行。

当然，专用发票不是唯一可以进行进项抵扣的凭证。

为了满足抵扣认证的需要，增值税专用发票都是有固定样式的。很直观的可以看下面的图。

增值税专用发票：

增值税普通发票：

普通发票可以有很多其他样式。并不一定是上图这种。比如你商场购物取得的发票等等。