软件功能介绍

一、想象

1、DNA可视化

查看DNA序列的多个视图。

地图 · 序列 · 美 · 特征 · 引物 · 历史

自定义酶位点，特征，引物，ORF，DNA颜色等的显示。地图可以是圆形或线性格式。

使用双链**查看酶位点，具有翻译，引物和DNA颜色的特征。单链**显示具有彩色特征的紧凑概览。

从一系列酶组中选择。剪切网站可以显示为数字或行，按名称或**排序。

按名称，位置，大小，颜色，方向性或类型对带注释的要素列表进行排序。复选框在紧凑或完全展开的显示之间切换。

按名称，长度，颜色，结合位点，方向性或解链温度对杂交引物列表进行排序。复选框在紧凑或完全展开的显示之间切换。

查看DNA构建体的自动生成的图形历史记录。祖先序列可以作为单独的文件恢复

2、大序列支持

浏览染色体大小序列。

查看 · 搜索 · 缩放

利用SnapGene的高效数据处理功能，扫描具有数千种注释功能的大型DNA序列。

使用专有的MICA算法立即在染色体内找到序列。

使用多功能控件**缩放系数和显示区域。

3、蛋白质可视化

查看蛋白质序列的多个视图。

地图 · 序列 · 属性 · 特征 · 历史

自定义区域，站点，键和序列颜色的显示。

使用具有相关特征的1-或3个字母的氨基酸代码查看蛋白质序列。

查看蛋白质的分子量，消光系数，等电点和氨基酸组成。可以对蛋白质的选定部分进行相同的**。

按名称，位置，大小，颜色或类型对带注释的功能列表进行排序。复选框在紧凑或完全展开的显示之间切换。

查看自动生成的蛋白质序列图形历史记录。祖先蛋白质或DNA序列可以作为单独的文件再生。

4、直观的序列编辑

轻松编辑DNA和蛋白质序列。

**编辑 · DNA结束

进行**，删除，替换和大小写更改。复制并粘贴序列时，会自动传输功能。

编辑线性DNA序列的末端以添加或去除突出端或磷酸酯。

5、序列颜色编码

将选定的DNA或氨基酸序列设置为十种颜色之一。

给两条DNA链或蛋白质序列着色。颜色在Map和Sequence视图中都可见。

6、特征注释

自动注释常用功能，或手动注释新功能。

自动特征检测 · 手动特征注释

使用SnapGene广泛的数据库查找DNA序列中的常见特征。您选择的其他功能可以添加到自定义数据库中。

选择DNA或蛋白质序列的一部分，并使用灵活的GenBank兼容控件注释特征。

二、模拟

1、限制性站点指标

确认限制性网站适合克隆。

独特性 · 甲基化**性 · 特殊性质

以粗体显示独特的限制性位点，或选择自动定义的Unique Cutters或Unique 6+ Cutters酶组。

不要被愚弄，因为限制性位点被Dam，Dcm或EcoKI甲基化阻断。SnapGene将自动用星号标记该站点。

利用工具提示来避免有问题的限制网站。

2、限制性克隆

可视化克隆**的所有方面。

如果您已经考虑**，则模拟只需几秒钟。如果克隆**存在设计缺陷，则可以捕获并纠正错误。

3、PCR

模拟**PCR。

使用您自己的引物，或要求SnapGene自动设计引物。产品文件在其历史记录中存储模板和引物。

4、重叠延伸PCR

通过重叠延伸PCR融合片段

最多可组装八个碎片。选择要连接的片段及其方向，SnapGene将设计引物。

5、引物定向诱变

使用诱变引物进行定点诱变。

选择诱变引物，按下按钮查看修饰的质粒。历史颜色突出了突变。

6、**?克隆

模拟**? BP克隆或LR克隆，或两者在同一时间。

为方便起见，提供了常见的供体向量和目的向量。选择要组装的片段，SnapGene将设计引物。

7、吉布森大会?

通过融合多达八个片段或通过将多达八个片段**向量来模拟Gibson Assembly。Gibson Assembly是一种流行的无缝克隆**。

选择要融合的片段及其方向，SnapGene将设计引物。线性化的载体可以通过酶消化或反向PCR产生。

8、IN-FUSION ?克隆

通过在向量中**最多八个片段来模拟Clontech的In-Fusion克隆。In-Fusion克隆是一种非常通用的**，可用于创建无缝基因融合。

选择要融合的片段及其方向，SnapGene将设计引物。线性化的载体可以通过酶消化或反向PCR产生。

9、TA和GC克隆

通过TA或GC克隆捕获PCR产物。

选择**的TA克隆或高效GC克隆。

为方便起见，提供了常见的TA克隆载体和Lucigen的GC克隆载体。

10、退火Oligos

退火两个寡核苷酸形成双链产物。

使用简单的控件添加突出限制克隆。

三、避免错误

使用SnapGene，确保构造符合您的要求，并确认您**了所需的序列。

1、阅读基因融合的框架

确保构造中的已转换要素符合框架。

链接翻译 · **告信息

使用“序列”视图可以快速查看两个已翻译的要素是否在框架中。如果是这样，翻译链接在同一行。如果不是，则翻译在单独的行上。

2、与参考序列对齐

使用强大的对齐工具检查实际构造是否与模拟构造匹配。

地图概述 · 序列详细信息

请参阅对齐序列与参考序列匹配的位置的概述，以及存在差异的位置。

四、自动录制

SnapGene自动记录操作以创建图形历史记录，并将祖先结构存储在最终文件中。

1、全面的“撤销”能力

几乎撤消任何操作。

不要害怕尝试使用SnapGene文件 - 回溯您的步骤很容易。

2、历史和嵌入式祖先

查看构造的图形历史记录。

单击操作以突出显示亲本和产物序列的相关部分，或单击PCR引物名称以查看引物序列。

单击历史记录树中的祖先以重新生成该祖先序列文件，包括其注释和克隆历史记录。

3、历史色彩

使用可选的历史记录颜色来标识序列的最新更改。

详细了解构建体的组装**，包括结扎的粘性末端。

五、拥有你的数据

SnapGene允许您根据需要阅读和共享文件，同时**对数据的完全控制。

1、安全文件管理

将SnapGene文件保存在所需的位置。

使用熟悉的安全操作系统来存储和整理SnapGene文件。

2、从其他格式导入

阅读许多常见的文件格式。

不仅可以导入DNA序列，还可以导入注释和注释。我们将继续**进口商，以确保您不会被锁定为专有文件格式。

3、导出为**格式

将序列，地图或凝胶图像转换为**格式，以便与其他软件一起使用。

将序列导出为GenBank或FASTA格式。将地图或模拟琼脂糖凝胶导出为常见的图像格式。

4、使用SnapGene Viewer共享数据

将SnapGene格式的文件发送给可以下载免费SnapGene Viewer的同事或客户。

只需将文件与链接一起发送到SnapGene Viewer即可。收件人将能够看到地图，序列和注释，就像在完整的SnapGene界面中一样。

5、对于**人员

要将SnapGene整合到您的数据**或实验室管理软件中，请联系我们以获取有关如何读取和写入SnapGene文件的信息。

六、转换文件格式

开放式信息交换至关重要，因此SnapGene和SnapGene Viewer提供了读取和导出常见文件格式的选项。

从其他格式导入时，目标不仅是捕获DNA序列，还捕获注释和注释

新功能介绍

1、重叠群大会

线性或环状重叠群可以从重叠序列或Sanger序列迹线重新组装。

2、灵活的对齐

现在可以以各种**导入要对齐的序列。可以提取多个对齐的一部分以生成新的多重对齐，或者可以编辑现有的多个对齐以添加或移除由不同算法生成的对齐。

3、Nicking Enzymes

可以显示Nicking核酸内切酶。当选择跨越从线性序列的末端到切口核酸内切酶位点时，可以通过按Delete删除该单链区域。

4、点特征

现在，DNA序列支持零长度点功能，并在从GenBank，MacVector或Gene Construction Kit导入文件时识别。

5、酶网站突出显示

常用的酶位点可以用黄金突出显示，以便快速识别。

6、协调一致性增强

多重比对的共识序列具有改进的格式，现在可以复制或导出。

7、用于与参考序列对齐的存储编辑

根据流行的需求，当通过**比对序列的端点编辑与参考DNA序列的比对时，保留和恢复那些编辑。

8、从其他文件格式导入功能

可以将特征导入到BED，GFF3或GTF格式的DNA序列中。

9、从UniProt导入

可以从UniProt数据库导入蛋白质序列记录。

10、进口基因组编译器项目

现在可以在SnapGene中直接打开Genome Compiler项目文件（.gcproj）。对于施工项目文件，在“历史记录”视图中捕获施工历史。

11、引物添加日期

将引物添加到文件时，会记录日期。引物可按添加日期排序。

12、读取和写入对齐文件格式

SnapGene可以将对齐导入SAM / BAM和VectorNTI?.cep格式的参考序列，并可以将对齐导出为SAM / BAM格式的参考序列。

SnapGene安装教程

1、将本站提供的文件解压，首先点击EXE文件开始安装

2、安装路径可以直接默认或者是安装在非中文路径中

3、接下来点击i agree即可

4、勾选需要的扩展功能，点击next进行下一步

5、接下来直接点击install开始安装

6、等待片刻即可安装成功，取消勾选运行程序，点击finish完成安装

7、将本站提供的文件中crack中的SnapGene.exe复制至程序的安装目录即可

snapgene怎么比对序列

1、打开snapgene软件 -> 点击“新DNA”

2、将需要比对的DNA序列或者参考基因序列复制到框内 -> 选择线性还是环状 -> 编辑文件名称（方便保存以后直接打开查看）-> 点击“可以”

3、继续点击左边窗口的“显示比对”出现比对窗口 -> 点击下面的“序列”查看序列比对信息 -> 点击“比对的序列”或者鼠标右键选择输入或者复制需要比对的序列

4、输入比对序列，选择测序数据还可以点击如图三角符号查看数据碱基峰值情况（前提是输入的序列文件是测序结果的）

此次比较的是参考DNA和包含克隆SNP位点的序列，可以观察到SNP杂合位点的双峰情况，最后验证生信**结果的准确性

教程来源于：https://www.81857.net/soft/61734.html